Hạn chế lớn nhất trong quá trình hoạt động cứu nước của Phan Châu Trinh là

Hạn chế về đường lối cách mạng, chủ trương dựa vào Pháp để lật đổ phong kiến. Không một nước đế quốc thống trị nào lại bắt tay với nước thuộc địa để mà lật đổ tay sai của chúng. Chủ trương của Phan Châu Trinh không có khả năng thực hiện mà chỉ làm cho tư tưởng cứu nước của nhân dân bị phân tán.