Thời gian này, phong trào được đặt dưới sự chỉ huy của Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết, với hàng trăm cuộc khởi nghĩa lớn nhỏ nổ ra trên phạm vi rộng lớn, nhất là ở Bắc Kì và Trung Kì.

Lúc này, đi theo Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết có nhiều văn thân, sĩ phu và tướng lĩnh khác như: Trần Xuân Soạn, Tôn Thất Đạm, Tôn Thất Thiệp (2 con của Tôn Thất Thuyết), Phạm Tường, Trần Văn Định... Bộ chỉ huy của phong trào đóng tại vùng rừng núi phía tây hai tỉnh Quảng Bình và Hà Tĩnh.

Cuối năm 1888, do có sự chỉ điểm của Trương Quang Ngọc, vua Hàm Nghi rơi vào tay giặc. Nhà vua đã cự tuyệt mọi sự dụ dỗ của Pháp, chịu án lưu đày sau An-giê-ri (Bắc Phi).

b) Từ năm 1888 đến năm 1896

Ở giai đoạn này, không còn sự chỉ đạo của triều đình, nhưng phong trào vẫn tiếp tục phát triển, quy tụ dần thành các trung tâm lớn và ngày càng lan rộng.

Trước những cuộc hành quân càn quét dữ dội của thực dân Pháp, phong trào ở vùng đồng bằng ngày càng bị thu hẹp và chuyển lên hoạt động ở vùng trung và miền núi. Tiêu biểu là cuộc khởi nghĩa Hùng Lĩnh do Tống Duy Tân và Cao Điền chỉ huy ở vùng rừng núi phía tây tỉnh Thanh Hoá; khởi nghĩa Hương Khê do Phan Đình Phùng và Cao Thắng lãnh đạo ở vùng rừng núi phía tây tỉnh Hà Tĩnh.

Khi tiếng súng kháng chiến đã lặng im trên núi Vụ Quang (Hương Khê – Hà Tĩnh) vào cuối năm 1895 – đầu năm 1896, phong trào Cần vương coi như chấm dứt.

(Nguồn: SGK Lịch sử 11, trang 126 – 128).