Đặc điểm khác nhau cơ bản giữa các yếu tố ngẫu nhiên và chọn lọc tự nhiên là:

Chọn lọc tự nhiên tác động trực tiếp lên kiểu hình và gián tiếp làm biến đổi tần số kiểu gen, qua đó làm biến đổi tần số alen của quần thể. Khi môi trường thay đổi theo một hướng xác định thì chọn lọc tự nhiên sẽ làm biến đổi tần số alen theo một hướng xác định. Vì vậy, CLTN quy định chiều hướng tiến hóa. Như vậy, CLTN là một nhân tố tiến hóa có hướng. Các yếu tố ngẫu nhiên gây nên sự biến đổi về tần số alen với một số đặc điểm sau đây: - Thay đổi tần số alen không theo một chiều hướng xác định. - Một alen nào đó dù là có lợi cũng có thể bị loại bỏ hoàn toàn khỏi quần thể và một alen có hại cũng có thể trở nên phổ biến trong quần thể